São Paulo, centro econômico do país, lugar de passagem para as viagens internacionais dos missionários. Com a finalidade de ter um lugar na de apoio na cidade, foi comprada uma casa na Vila Mariana (julho de 1955), para ser centro de Animação Missionária, mas passou a ser sede Regional dos Xaverianos. Posteriormente (1980), foi ampliada e foi construído um novo prédio para poder acolher melhor os xaverianos de passagem.

Inicialmente os xaverianos tiveram uma presença no bairro de Santo Amaro, Vila de Campo Grande, capela de Santa Gertrudes (1955), criada Paróquia em 11 de fevereiro de 1958, confiada à Congregação até 1967, sendo o primeiro pároco o Pe. Luiz Agostinho Grazzi. Também na Vila Guilherme, trabalhavam na Paróquia São Sebastião (1955-1960), o Pe. Mário del Sante era o pároco. Além de prestar um serviço provisório (1955) na Paróquia Nossa Senhora de Sião - Ipiranga.

Na cidade de Diadema (SP), o Pe. Giulio Barssotti adquiriu uma chácara para ser a Domus Religiosa (1962-1967), que também foi a sede do noviciado xaveriano de 10 de março de 1971 a 13 de fevereiro de 1972. Depois foi obra social dos meninos pobres e finalmente Centro Xaveriano de Animação Missionária, com a produção de artigos religiosos (1968-1973). Com a construção da rodovia dos Imigrantes a casa foi desapropriada pelo governo e a obra social foi transferida para Curitiba. 

A partir de 1980, foi aceito o desafio missionário nas grandes periferias. Nos primeiros trinta anos a congregação prestou serviço à Igreja nas áreas rurais, agora os xaverianos enfrentavam uma nova realidade missionária, assumindo a ação pastoral no extremo da Zona Leste. Em Itaquera foi criado o Centro de Animação Missionária (1981), como sede do jornal Kosmos e a criação da Paróquia São José Operário na COHAB José Bonifácio. Na Cidade Tiradentes (1981), COHAB Prestes Maia, sede do jornal Kosmos (1985-1986), junto com a criação da Paróquia Sagrado Coração de Jesus, fundada em 28 de dezembro de 1985. Ainda no Lajeado, em Guaianazes (1981) formaram a obra social Joílson de Jesus para o atendimento de crianças e adolescentes em vulnerabilidade, junto com criação da Paróquia da Sagrada Família, em 28 dezembro de 1985, entregue para a diocese de São Miguel Paulista em 16 de fevereiro de 2002. Nesta realidade se destacou o trabalho pela justiça social, nas CEBs, nos movimentos populares, de acordo com as orientações do magistério de Medellín e Puebla.

A Teologia Internacional e Intercultural no Brasil (1991), funcionou no bairro do Ipiranga, (Vila Arapuá), foi uma experiência muito rica, com estudantes de quatro nacionalidades: brasileiros, mexicanos, italianos e um escocês. Morando perto da favela Heliópolis, a maior da cidade, facilitava a inserção dos estudantes de teologia na vida do povo pobre, na participação das lutas nos movimentos sociais e grupos de base, como parte da preparação para a missão Ad-Gentes. A experiência foi encerrada (1997), porque o XIII Capítulo Geral (1995) fez a opção da Congregação de ter apenas uma Teologia Internacional por continente. 

Os xaverianos trabalharam na Brasilândia com os padres Arnaldo de Vidi e Mário Celli na Paróquia São Francisco de Assis, colaborando com a pastoral e Animação Missionária com a Arquidiocese de São Paulo.

Em Embu das Artes, grande São Paulo, atuaram na pastoral urbana na periferia, na Paróquia de Todos os Santos, diocese de Campo Limpo, (1986-1994).  Enfim, os xaverianos perceberam que a pastoral urbana deve dar uma resposta aos desafios da cidade secularizada. A Igreja Católica não consegue acompanhar o crescimento da grande cidade. Ao chegarem novos moradores, surgirem novos bairros e novos prédios, as pessoas não encontram a mínima visibilidade estrutural da Igreja. 

Periferia de São Paulo

Rafael Lopez Villasenor, sx